Bioinformatics Final M0101223

課程名稱：生物資訊分析課程

負責教師：鄧致剛 老師

HSP40 (Dna J)

  熱休克蛋白依分子量大小及同源程度，可將熱休克蛋白分小分子 HSP、HSP40、HSP90 及 HSP100 等家族，真核的熱休克蛋白具有保護功能，大多與蛋白質摺疊有關，並且細胞生長及發育中扮演重要角色。HSP70 (DnaK) 有微弱的 ATPase 活性，需要 DnaJ 才有 ATP 水解酶的活性，故有調控之活性，DnaK 和 DnaJ 可以結合一些胜肽鏈使形成三聚體，使 Heat shock factor (HSF) 可專一結合至  Heat shock element (HSE) 上，而促進下游基因的轉錄，此作用受到磷酸化影響，在受熱刺激後 HSP 不但形成三具體，也快速磷酸化，隨著溫度消失，細胞內大量出現游離的 HSP70 蛋白可和 HSF 結合，形成沒有 DNA 結合能力的單體，自 DNA 上脫離。

從 NCBI 的 OMIM 中，可以找到 55 個資料，其中可以得知人類的 DNAJ / HSP40 有三種 Subfamily (A、B 和 C)，分別 A member 有 3 種， B member 有 13 種及 C member 有 27 種。

於 NCBI OMIM 中，分別三個 subfamily 個選取一個 (DNAJA1、DNAJB1、DNAJC1) 蛋白質序列，上傳至GCG作相似度比較

補充 : Similarity (大部分相同)、Identity (完全相同)

Phylogeny - 針對三種 subfamily (A、B 和 C)

使用 EMBL-EBI (ClustalW2) 進行 Multiple Sequence Alignment

ORF Finder Of Subfamily A (DNAJA1) 

利用 SMS 網頁，輸入核苷酸序列，可得到 ORF，以便之後進行分析。

MW / pI (針對蛋白質序列進行分析)

分別針對 3 種 Subfamily (A、B 和 C ) 各取一個蛋白質序列 (胺基酸序列) ，利用 UNIPROT 進行 Blast，可得知最相似蛋白質序列，並且得到分子量與 pI。

利用 GCG 得知 Restriction Enzyme 切位

在 GCG 輸入 map "檔名"，可以找限制酶切位 (哪些可以切，哪些不切，或著是切幾刀)，並且可輸入 more "檔名"，以慢慢呈現方式看分析結果，可以看整個資料，若是輸入 cat "檔名"，則是一次看所有分析結果，但缺點是結果太長，前面資料無法看見。 

利用 PCSB PDB 進行 Hsp40 (Homo sapiens) 結構分析

利用 KEGG pathway 分析 Hsp40 參予的 Pathway