- Jan 26 Sat 2013 16:51
課程名稱:生物資訊分析課程
- Jan 26 Sat 2013 16:51
Introduction
HSP40 (Dna J)
熱休克蛋白依分子量大小及同源程度,可將熱休克蛋白分小分子 HSP、HSP40、HSP90 及 HSP100 等家族,真核的熱休克蛋白具有保護功能,大多與蛋白質摺疊有關,並且細胞生長及發育中扮演重要角色。HSP70 (DnaK) 有微弱的 ATPase 活性,需要 DnaJ 才有 ATP 水解酶的活性,故有調控之活性,DnaK 和 DnaJ 可以結合一些胜肽鏈使形成三聚體,使 Heat shock factor (HSF) 可專一結合至 Heat shock element (HSE) 上,而促進下游基因的轉錄,此作用受到磷酸化影響,在受熱刺激後 HSP 不但形成三具體,也快速磷酸化,隨著溫度消失,細胞內大量出現游離的 HSP70 蛋白可和 HSF 結合,形成沒有 DNA 結合能力的單體,自 DNA 上脫離。
- Jan 26 Sat 2013 16:51
How many family members exist?
從 NCBI 的 OMIM 中,可以找到 55 個資料,其中可以得知人類的 DNAJ / HSP40 有三種 Subfamily (A、B 和 C),分別 A member 有 3 種, B member 有 13 種及 C member 有 27 種。
- Jan 26 Sat 2013 16:50
Sequence similarity among the members
於 NCBI OMIM 中,分別三個 subfamily 個選取一個 (DNAJA1、DNAJB1、DNAJC1) 蛋白質序列,上傳至GCG作相似度比較
補充 : Similarity (大部分相同)、Identity (完全相同)
- Jan 26 Sat 2013 16:48
Phylogenetics of the family
Phylogeny - 針對三種 subfamily (A、B 和 C)
使用 EMBL-EBI (ClustalW2) 進行 Multiple Sequence Alignment
- Jan 26 Sat 2013 16:48
ORF Finder
- Jan 26 Sat 2013 16:48
MW, pI hsp40 protein
MW / pI (針對蛋白質序列進行分析)
分別針對 3 種 Subfamily (A、B 和 C ) 各取一個蛋白質序列 (胺基酸序列) ,利用 UNIPROT 進行 Blast,可得知最相似蛋白質序列,並且得到分子量與 pI。
- Jan 26 Sat 2013 16:47
Restriction Enzyme
利用 GCG 得知 Restriction Enzyme 切位
在 GCG 輸入 map "檔名",可以找限制酶切位 (哪些可以切,哪些不切,或著是切幾刀),並且可輸入 more "檔名",以慢慢呈現方式看分析結果,可以看整個資料,若是輸入 cat "檔名",則是一次看所有分析結果,但缺點是結果太長,前面資料無法看見。
- Jan 26 Sat 2013 16:47
Structure Analysis
- Jan 26 Sat 2013 16:35
KEGG pathway
利用 KEGG pathway 分析 Hsp40 參予的 Pathway